基本原则应是客观地、真实地反映事物的本质和规律。论文内容必须有材料、有观点，合乎逻辑，且材料真实、观点正确。即应具有科学性、实用性、创新性、可读性等内容。
一篇完整的医学期刊论文应包括题目、作者署名、摘要、关键词、前言、材料与方法、结果、讨论、参考文献。
用具体、简洁的文字描述，一般不超过20个字。题目应主题鲜明、重点突出、高度概括、一目了然。不足以概括论文内容时，可加副标题（破折号、括号或加序码）。从大量来稿中，约30%来稿题目存在问题，需要加工修改。例如：…的临床研究，…的实验研究，…的意义，这些文字均应删去。
署名的作者，只限于选定研究课题和制定研究方案，直接参加全部或主要部分研究工作并做出贡献，以及参加写作论文并对内容负责的人，参照GB7713-87《科学技术报告、学位论文和学术论文的编写格式》。第一作者应是论文课题的创意者、设计者、执行者，是论文的执笔者。多人合写时，主在前，次在后；多单位合写时，用脚注标明。作者人数不易过多，一般不超过6人。指导、协作、审阅者可列入致谢中。来稿之中常见缺单位、缺邮编、缺通信作者等。
摘要是科研论文主要内容的简短、扼要而连贯的重述，必须将论文本身新的、最具特色的内容表达出来，重点是结果和结论。具体写法有结构式摘要 和非结构式摘要两种，前者一般分成目的、方法、结果和结论四个要素，200字左右；后者不分四要素，不超过150个字，目前国内大多数的医学都采用结构式摘要。本刊专家论坛、综述等栏目应附非结构式摘要。结构式摘要包括以下4点：
④结论（conclusions）：说明主要结论，包括直接的临床应用。摘要内不用图、表、化学结构式，不分段落，不加小标题，不举。常见的错误是方法中没有描述具体方法，却写出了结果；结果与结论不分，结果之中有结论，结论中又有结果。
关键词是表达科技文献的要素特征，是具有实际意义的词或词组。可从标题、摘要和全文内容中选择，以从标题中选择最常用。目前多采用从《医学索引(index medicus)》中的医学主题词表（list of medical subject heading, MeSH）中选择,也可参考《医学主题词注释字顺表》及《汉语主题词表》；中医药关键词可参照《中医药主题词表》，由3~8个词或词组构成。之间用；隔开。例如：题为急性肠系膜上动脉栓塞病程中的甲状腺激素水平的论文，可以选取关键词为：急性肠系膜上动脉栓塞；甲状腺激素，治疗中采用了取栓术，因此，增加取栓术作为关键词。
简要叙述研究此项工作的起因和目的、历史背景、国内外对研究此项工作的研究现状和研究动态，强调此项工作的重要性和研究意义。一般为200~500字。引言最基本一点是介绍主要研究。有些作者叙述从古至今，洋洋洒洒上千字，但都是罗列文献，与正文关系不大，或者是与摘要雷同，与正文重复，有的妄下断言：国内外未见报道，前所未有的研究，达到国内外先进水平。
材料包括实验动物的名称、品种、数量、来源、年龄、性别、分组标准与方法；微生物或细胞的种、型、株、系、培养条件和实验室条件；实验仪器名称、生产厂家、型号；实验药品和试剂的名称、成份、规格、纯度、批号、浓度、剂量、给药方法、途径、用药总量。方法包括实验方法与实验步骤，观察方法和统计学处理方法。在大量的来稿中，常见的问题是实验缺乏对照，随机分组的方法有误，统计学处理方法不正确等。
结果是论文价值所在，是研究的结晶。结果的内容按实验所得到的事实材料进行安排，可分段、分节，可加小标题。解释客观结果，不要外加作者的评价、分析和推理。结果要真实性，不可将不符合主观设想的数据或其它结果随意删除。因图表和照片所占篇幅较大，能用文字说明的问题，尽可能少用或不用图表或照片。常见的问题是图表与文字说明重复，应二者取一即可。同时，编辑要让作者明确：该研究的不足之处或遗留问题以及对以后相关研究的。
讨论是论文的重要主体部分，是作者对所进行的研究中所得到的资料进行归纳、概括和探讨。讨论的内容有：①对实验观察过程中各种数据或现象的理论分析和解释。评估自己结果与他人结果异同，并解释其原因；②实验结果的理论意义及对实践的指导作用和应用价值；③同类课题国内外研究动态及与本文的关系。常见的问题是讨论不深入，没有紧紧围绕主题展开，有的写成综述，没有自己的观点。
参考文献要求引用作者亲自阅读过的、最主要的文献，包括公开发表的出版物、专利及其他有关资料，内部讲义及未公开发表的作品不宜作为参考文献着录。为此一般要求引用文献者必须用阅读过的、重要的、近年的文献为准。论着10条左右，综述20条左右。常见的问题是引而未注，或注而未引；文中所注与文后参考文献不对应；参考文献标注的格式有误，应参照《科技书刊标准化18讲》进行正确标注。