过去，各地区各部门在农业科技创新体系建设方面取得了不同程度的进展。但总体看，依然存在条块分割、资源分散、低水平重复、分工不明、协作不力等问题，特别是在农业科技
在此背景下，以国家现代农业产业技术体系为代表的农业科技机制创新应运而生。体系通过中央财政稳定支持和任务委托方式，以协同创新为目标，在全国范围内打破部门、区域和学科界限，搭建新型农业科技联合协作的大平台。
以油菜产业为例，油菜生产机械化问题是制约油菜产业发展的瓶颈。由于各类研究计划都是各自立项，农机农艺难以配套。油菜体系成立后，将油菜机械化问题作为全体系重点攻关任务，组织育种、耕作栽培、农机等方面的岗位科学家和长江流域的综合试验站聚焦一个目标开展工作。
连续多年的中央一号文件都对推进国家农业科技创新体系建设做出布局，提出强化现代农业产业技术体系建设，解决了农业科研长期以来存在的痛点，让农业科研跳出了“一亩三分地”，体系的成功探索对我国农业科技创新的主要有以下方面。
一是建立了技术用户考核评价机制。相当长时间以来，衡量科研人员业绩的标准主要是论文、专利和争取到的项目资金数量，导致许多科研束之高阁，产业中的关键问题往往不能及时解决。体系对此进行了，引入专家测评和用户评价相结合的评价模式，由行业部门、协会、企业等技术用户作为主评价方，把“科研任务与产业的关联度、科技研发的创新度、科研产出对产业的贡献度”作为重点指标，解决了科研与生产“两张皮”问题。
二是了每个产业的每个环节、每个领域都有相应的科技力量分布，消除了在过去产业发展技术支撑方面的“空白”和“短板”。统筹产前产中产后各环节科技力量，形成了与产业链并行耦合的创新链，避免了以往按照学科组织科研力量导致创新链被人为割裂、产业不同环节技术发展不平衡的弊端，改变了以往农业科技资源分散低效，各自为战的现象。
三是注重产学研一体化，体现科研推广培训的衔接性。过去科研、推广、培训三大系统脱节问题比较突出，中间缺少“一体化”的连接机制，而体系正好发挥了承上启下的功能，健全了科技一体化机制，加速了已有研究的快速。
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