自学考试考生自通过本科毕业论文的登记审核，即进入到毕业论文的写作程序当中来。在进行登记时，会告诉每个专业的考生，在的时间去指定的地点听论文的。在上，高校主管该专业论文的老师会和大家见面，并根据大家的选题方向，将考生分配到有关的教研室，然后由教研室具体导师。
论文答辩的程序基本由三项组成：首先考生简单地阐述论文的写作动机、内容梗概和基本的观点;然后答辩小组就考生论文内容进行提问;如果答辩小组认为必要，还会对涉及论文的专业范围内的其他问题加以提问。这些提问都需要考生认真加以回答，并会影响到考生的论文成绩。考生通过论文答辩后，其本科论文即告完成。如果顺利通过，考生就应该准备本科毕业了。
考生根据专业考试计划自己判断并申请毕业，市自考办不负责通知考生办理毕业手续。 凡符合毕业条件的考生，在的时间内(上半年6月上旬，下半年12月上旬，具体时间以当地自考办安排为准)持“准考证”、“身份证”、全部“课程合格证”，办理本科毕业证者还须持有专科及以上毕业证原件，到所在市自考办申请办理毕业证书，经市自考办初审符合条件者，打印考生基本信息单，交考生核对签字，并发给《高等教育自学考试毕业生思想品德鉴定表》。
在职人员由考生所在单位的人事(劳资)部门的负责人写出评语，加盖单位公章;非在职人员由乡或街道办事处审核并写出评语，加盖公章。 经市自考办、主考院校、省自考委审核后，符合条件者，发给毕业证书及毕业生档案。
考生将本人准考证、身份证以及全部单科合格证书交当地自考办初审，经初审合格后发给《毕业生登记表》。
《毕业生登记表》由考生本人填写，所在单位(非在职人员由街道办事处或乡人民)签署意见后，于日期送交当地自学考试办公室报所在市自学考试工作委员会和省考委审核。
考生填写《毕业生登记表》不得隐瞒和造假，不得擅自涂改，违者将予以严肃处理，直至取消毕业资格;审核合格者，由省、自治区、直辖市考委颁发相应的毕业证书，主考学校在毕业证书上副署。
2、在领取毕业生档案登记簿上签名，如系受人委托代领，应同时出示被委托人的身份证，并在签名栏内签“***代”;
3、领取档案袋和证书夹，仔细检查，有无错装或缺漏(档案袋内装自考毕业证书、自考课程合格证、自考毕业生登记表及毕业成绩单);
4、将毕业证书、自考课程合格证取出，由本人妥善保管。将自考毕业生登记表及成绩单(各1份)密封在袋内交本人所在单位劳动人事部门(考生在密封档案前将自己的毕业生登记表复印一份留存备查)。
高等教育自学考试毕业生是在职人员梦见躲藏的，由所在单位或上级主管部门本着用其所学、发挥所长的原则，根据工作需要调整他们的工作;高等教育自学考试毕业生在职人员(包括农民)的，由省级劳动人事部门根据需要，在编制和增人指标范围内有计划地选择录用或聘用。
在工资待遇方面，非在职人员录用后，与普通高等学校同类毕业生相同;在职人员的工资待遇低于普通高等学校同类毕业生的，从获得毕业证书之日起，按普通高等学校同类毕业生工资标准执行。