2016年的报告由五大部分组成：第一部分是报告的主题，介绍了《联合国气候变化框架公约巴黎协议》的达成是人类可持续发展史上的里程碑事件，中国在本次气候变化谈判中的深度参与和适度引领是中国参与并塑造全球治理的又一成功案例。煤炭行业的清洁生产和减排、清洁和可再生能源的发展、碳排放交易市场的建设、国际谈判和国际贸易投资谈判的有机配合等是中国在气候变化治理中履约和实现国内可持续发展目标的关键内容。第十三章在测算中国各地区2001～2012年能源消费碳排放的基础上，结合脱钩理论和聚类分析方法，运用地理信息系统软件Arc-GIS，分析了中国区域经济增长的空间分布趋势。
《报告》的第二部分是绿色发展的“十三五”规划。报告第二章回顾了生态文念的发展历程，对历次五年规划（计划）中的资源部署及其演化进行了梳理，分析了“十三五”规划的背景和生态文明布局，指出五年规划与生态文明建设具有久远的历史渊源。“十三五”规划在全面建成小康社会的背景下，在补齐资源短板、让人民群众有更多满足感的导向下，对生态文明建设做了全面的部署，为未来五年资源和绿色发展指明了方向。报告的第三章通过进一步发展世界银行的真实储蓄方法，计算了工业行业的自然资本损失。利用中国的投入-产出表及其延长表追溯最终消费，重新计算了中国工业行业的增加值、资本形成、资本存量等相关的要素。最终通过对资本产出弹性进行调整，重新估计了中国工业各行业的生产率。结果表明，在过去20年间，中国主要的工业部门存在着显著的自然资本损失，带来了平均10%的名义增加值损失，对其生产率的影响非常显著，在1995～2010年导致了约3%的全要素生产率增长放缓。报告第四章指出未来中国的发展应在追求数量增长的同时，更加注重质量效益的提升，必须通过加快转变经济发展方式、提高能源利用效率、推进清洁低碳能源利用、引导居民绿色消费等一系列有针对性措施，逐步推动能源向绿色、低碳转型，从根本上减少常规污染物及温室气体排放源，实现经济社会的绿色发展。
《报告》的第三部分是全国统一碳市场。其中，第五章探讨了排放权交易对企业节能减排和行动的作用及影响。第六章以我国188家重污染行业上市公司为样本，在确定其碳会计信息披露指数基础上，通过多元回归分析，得出企业规模、发展能力和公司治理结构与重污染行业上市公司碳会计信息披露水平正相关。第七章依据天津市碳交易试点制度要素设置情景，模拟其对全市的经济影响，并深入分析行业以及行业之间的相互影响。第八章运用Theil指数，按照经济发展水平、地理区位、人均碳排放水平三种分组方法，基于1997～2012年的省际面板数据，研究全国、区域内和区域间碳排放的差异性及其时序变化。第九章对比了碳交易制度相对于碳税制度的优点，总结了二级市场在碳交易体系中的8个重要作用，分析了当前7个试点碳定价机制运行状况和存在的问题，描述了市场机制在减排、碳金融创新和低碳产业发展所取得的成效，并分析了碳交易体系中影响碳价格的相关因素，得出二级市场是碳市场制度体系建设的核心，应当充分重视。
《报告》的第四部分是低碳技术、新能源与低碳城市的案例研究。其中，第十章以上海市为研究对象，利用空间统计学方法及高精度人口分布数据，对TOD规划的应用效果进行量化研究。第十一章以生态足迹作为衡量可持续性的工具，并将产品生命周期的思想引入生态足迹的计算之中，建立了基于产品生命周期思想的化学产品生态足迹模型。同时将该模型用于乙炔生态足迹的计算之中，并根据计算结果为乙炔生产的可持续性提出了合理的。第十二章系统综述了日本推进区域生态工业发展的进展，具体包括日本“生态城”项目与“都市”（“模范都市”与“未来都市”）项目，实践中的创生应用，及其在技术、立法、管理和社会支撑体系等方面成功的经验，重点分析了日本在社会支撑体系与决策支撑模型方面的长处。第十三章在测算中国各地区2001～2012年能源消费碳排放的基础上，结合脱钩理论和聚类分析方法，运用地理信息系统软件Arc-GIS，分析了中国区域经济增长的空间分布趋势。第十四章首先整理我国FTA中的条款文本，并与TPP章节进行对比，其次分析我国产品的贸易状况以及我国这54种产品的贸易竞争力，最后对条款和产品贸易的关系进行研究。第十五章提出几个关于碳排放问题的新观点，并据以得出解决二氧化碳气体积累的新思。第十六章呼吁重视调整、改变、改进长期形成的能源利用、利用方式，实现各种能源的高效率利用、循环利用、系统利用、阶梯利用、全面利用，“让能量动起来”“让热机冷下来”“让排放变资源”。
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