为对象，但很清楚地不曾把传统视为一个应全盘反对的整体，例如陈独秀等人明白说过，他们反对的不是孔子，而是那被帝制运用的孔教胡适也一再申说其所主张之科学方法，即是程朱以来一脉相传，且为清代干嘉诸儒发扬光大的格物致知考证之法。在儒学内部，胡适显然就是吸收某些成分，并非全盘反传统。若我们再把眼光放大点，则五四人物对以外，如墨家、、法家之思想传统，吸挹发扬处也远多于拒斥。
林先生另一个根本问题是:他反对五四知识的全盘反传统态度，但他费力地替这种错误态度找到一个传统的根源，于是，的矛头转向了传统。所以，他认为惟有放弃传统一元论有机观，以及“以思想文化解决问题”之思维，才能真正走出桎梏。
这种思维其实才是反传统的，才是把传统视为一个整体，而且就是这个思维模式；同时他也是想从思想文化上解决问题的。若反传统真如林先生所云，是无生机的，那么林先生何以解嘲?
此外，林先生把五四时期知识主张借思想文化以解决问题的态度，归咎于“经典以后的一元论和惟智论的思想模式”，也令惑不解。把中国文化简单地解释为，而影响于后世者，又简化为一元论、惟智论思维模式，实在是简得太不成样子了。且中国文化本不限于经典，若云为一元论、惟智论，那么佛家、是否也具同样的思维模式？如否，为何中国变革时期深受佛、道影响，而对经典又恰好的知识，反而经典之一元论、俏师母惟智论思维窠臼？再者，孟、荀、朱、陆、王阳明是否都是一元论和惟智论，实在也大可商榷。特别是他以“惟智论”来称呼孟子、王阳明之思维特点，殊有文不对题之感。干嘉朴学反对理学，但林先生居然只举了戴震《孟子字义疏证》“正心”之说，便说清儒亦因袭了惟智论的思维模式。浑不考虑戴氏此书在清代朴学中毫无代表性。因此，整体地看来，林先生对传统的理解与描述，也是极为粗疏简陋的。
总之，林毓生这类学者，代表了一种过渡型态。不论他们对传统之评价为何，或对传统如何描述，这一时期的论述较常致力于说明传统与现代之间的非断裂关系。或指明变革者仍有传统观念，或保守传统的人也对现代有所了解。“传统/现代”之架构已被松动，但事实上并末完全，只能说是原有分析架构的修正。
因为所谓“进步/保守”“西洋、现代/中国、传统”“变革/守旧”“资本工业社会/封建社会”“、科学/贫穷、疾病、、贪污、”等思维概念仍然于这些论着中。只不过论述的重点，已由“从传统到现代”转移到“传统与现代之间”罢了。
在这本书里，他说美国的中国近代史研究早期是以“冲击、东方反应”为主轴，以正面角度来呈现的扩张，而以负面措辞来表现中国对的抵抗。到1970年后，史家则发展了帝国主义理论典范。这套典范，其实仍是西力冲击说，只不过在价值判断上换了位，认为“中国近代史是一部帝国主义者侵略中国，反对中国、阻碍中国资本主义发展的历史”。
因此，根据现代化理论，中国只有现代化，才能摆脱贫穷与落后；而依帝国主义理论，只有，反帝反侵略，才能真正改善中国的处境。
对这两种论析典范，柯文都不同意，所以他提出了另一个模式，亦即20世纪80年代以后美国史界走的一个新方向：以中国为中心的中国史研究。
此一研究方向所包含的观念，大致如下：(1)清末以至民初的社会状况，主要并不因冲击而形成，乃是中国社会长期发展的结构使然。例如人口压力、领土扩张、农村经济商业化、社会各阶层日增的内政挫折感等。故主要应由中国内部来的历史，而不是从外部来看。(2)所谓从中国内部看，还可以从空间上研究各省、府、区域、城市。(3)从阶层上展开不同阶层之探索。由此，乃了区域史、地方史、史之研究。(4)因中国历史及社会甚为复杂，既不只从特定角度来观察，便须结合各种社会科学人才与方法，始能获得好成绩，务实地说明中国历史。
我觉得这也是柯文对研究的扩大。因为在他的《在传统与现代之间:与晚清变法》一书中，已尝试区分晚清变法家为滨海与内陆两类。他认为趋向于滨海一类的变法家，因受西洋影响的机会多，故最易接受变法，思想亦较内陆一类进步些。后来他所指出的“迈向以中国为中心的中国史研究”之第二种研究法，显然即由此发展成形。
顺着柯文对美国史学界的及其研究来看，我们会发现像这样的人，其实根本无法纳入西力冲击的挑战与回应模式中去了解。他的伦理态度，完全未受西潮影响。他既不足以代表慕羡、知晓，而鼓吹变更传统社会文化，以适应新局者；又不能说他是个拥抱传统的保守。过去讲如何如何可以视为中国现代化之，都只是戴着现代化理论的眼镜，在他的著作中找些片面的材料来印证自已的成见而已，对上文我所谈的一些现象，则视而不见。
当然也不能纳入帝国主义理论的模式中去认识。他对各洲土著之，颇似殖义者的口吻；对东方文化的，很有东方主义的架式。但他对中国文化却又毫不贬抑，其用以土著之观念，恐怕也非帝国主义的殖民思想，而是中国的夷夏观。何况，他也压根儿欠缺民族解放、阶级平等之类想法。
柯文虽说要在中国发现历史，然而他基本上仍视为一变法者，只是说之变法思想仍系以中国传统做基础。我们上文的分析却显示它可能并非如此。能不能称为一位“变法家”，殊堪怀疑。谓其为沿海类型之变法家或派，且据此推论沿海地区因在物质与文化上直接受到之影响，故易于接受思想，当然就更显得十分牵强。内陆地区，如湖南、湖北，主张变革的人，其实反倒不亚于沿海。
据周作人《苦竹杂记．关于》之考证，王氏虽然“在同光之际，几为的权威”，但其人好酒、好色、好抽鸦片，去日本游历时，只知“日在花天酒地中作活，几不知有人”。故周氏说他不脱名士才子气，终究只是个清客，在太平时帮闲、在帮忙而已。
这样的描述，不是立刻超越了什么西力东渐现代化，或帝国主义分析范式吗？越是套用那些分析架构、思维模式、术语，我们就越不懂。只有摆脱这一切，我们才能重新认识这位抽、好、喜欢女人贞节孝烈、相信灾异休咎、既参与太平军，又痛骂发逆而不断的。
研究近代史、近代人物，靠的终究不是什么新写法、新理论，而是对中国文人生活型态和思维的理解。而那些现在还在出版物和自上兜售的晚清变革人物故事，既是十年前老掉牙的研究框架，更是早该扔了。
办有大学、出版社、社、书院等，并规划城市建设、主题园区等多处。于世界各地。现为美国龚鹏程基金会。擅诗文，勤著述，知行合一，道器兼备。